Sie enthält viel Vitamin C, kann die Vermehrung von Bakterien, Viren und Pilzen hemmen und die Durchblutung fördern: Wegen dieser positiven Eigenschaften ist die Große Kapuzinerkresse (Tropaeolum majus) jetzt von Wissenschaftlern der Universität Würzburg zur Arzneipflanze 2013 gewählt worden.
Für die medizinische Wirkung sin vor allem ihre Glucosinolate von noch größerer Bedeutung. Glucosinolate finden sich vor allen Dingen in Kreuzblütlern, sie sind für den scharfen Geschmack verantwortlich und werden von den Enzymen des Menschen in Senföle umgewandelt, die wiederum die Vermehrung verschiedener Erreger hemmen können.